2013年9月，我区分别出台的《关于鼓励在海沧保税港区开展保税物流业务的意见》（厦海政〔2013〕117号）（以下简称《117号文》）及《关于鼓励发展航运业的意见》（厦海政〔2013〕118号）（以下简称《118文》），有效期截至2016年9月。《117号文》及《118文》由海沧保税港区管委会办公室负责兑现实施。2015年4月厦门自贸片区挂牌运作，海沧保税港区范围划入厦门自贸片区，海沧自贸办提出考虑到厦门自贸片区政策的统一协调性，海沧自贸办不宜单独制定、实施优惠政策，建议终止《117号文》及《118文》。
为做好政策衔接，进一步推动航运物流产业集群发展，优化产业创新和发展环境，增强产业竞争力，根据区领导指示精神，结合《117号文》、《118文》出台三年来的执行情况和我区实际情况变化，制定出台了《海沧区促进航运物流业发展奖励扶持办法》。本办法在起草制定过程中，通过区政府专题会、企业座谈会、发放征求意见稿及反复沟通等方式，几易其稿、修改完善。主要针对入驻我区的航运物流企业，除按照厦门市及自贸区相关规定享受优惠政策外，还可以叠加享受我区入驻、经营贡献、融合发展、创新提升、业务拓展、人才等六个方面扶持奖励。